A Diretoria Executiva é o órgão de administração e execução da FUNCEPE e é composta pelos seguintes membros:
Presidente:
- Laura Maria de Melo Furlan
Vice-Presidente:
- Antônio Clécio Fontelles Thomaz
Diretor Financeiro:
Vice-Diretor Financeiro:
Diretor Científico:
- Prof. Dr. João Bosco Freitas Cordeiro
Diretor de Meio Ambiente:
Vice-Diretor de Meio Ambiente:
- Jeovah Leão de Oliveira Neto